重组蛋白通常使用大肠杆菌、酵母、哺乳动物细胞表达扩增，用昆虫细胞和植物细胞生产重组蛋白的案例也愈发常见。
发酵液在经过适宜的澄清、裂解、超滤、萃取、离心等预处理方法后，即可获得待纯化样本。在之后的纯化过程里，经常依靠离子和/或亲和层析完成粗纯化和中度纯化。精纯化则常用疏水、分子筛、以及复合模式填料。而像胰岛素和GLP-1等小分子则非常依赖RP填料、SEC填料。为保证足够高的活性，有时还需要进行手性分离纯化。
对于小分子重组蛋白，可以使用融合蛋白策略，方便采用适配的亲和层析，配合酶切方法，快速获取高纯度中间品，一般再经1-2步层析后就能够满足纯度标准。若采用偶联配体的方法，在偶联修饰后则需要再纯化，去除修饰错误的分子和未结合的单体。

抗体是实现免疫功能的重要分子，主要包括IgG1-4、IgA、IgD、IgE、IgM和IgY（禽类）等，可以特异性的结合抗原，实现免疫功能。
由于优秀的特异性和生物活性，抗体也在检测、生物分子提取、疫苗、靶向治疗药物开发等领域起着不可替代的作用。为了获取更高的活性/特异性或者实现一些特殊的功能，对抗体的改造是非常常见的情况，现在已经成为一个高度发展的领域。
在抗体的纯化过程中，ProteinA/G/L亲和层析是其中最关键的步骤。亲和层析被要求具备高载量、长寿命、低的配体脱落率和杂质残留、以及耐受高浓度NaOH清洗。
精纯化需要按照质量需求灵活设计，较多采用“阴离子+阳离子”或“复合模式层析”，也有使用单步疏水层析进行纯化的情况。
目前双抗的层析纯化与单抗基本相同，但工艺开发难度更大，所花费的精力要多余单抗。这主要是因为双抗在表达过程中分子有更高的错配几率，聚体含量甚至可以达到50%。

重组蛋白/VLP疫苗制备过程与一般的重组蛋白制剂相似。但由于表达的蛋白一般是重组表面抗原，因此大多情况下会自动形成VLP（eg：9价HPV疫苗）或某种聚合体（eg：RSV疫苗）。在纯化最后阶段，要注意去除单体和成型不佳的VLP。
值得一提的是，由于有些VLP的颗粒度较大，在形成过程中较易包裹杂质，这样的VLP颗粒会给人体带来副反应。所以需要在纯化前期抑制VLP生成，待纯度较高时通过换液等方式促使VLP生成，或者将前期形成的VLP颗粒去除。
需要注意的是，离子交换层析在吸附时可能破坏VLP结构，造成VLP解体。因此在设计抗原结构时应注意表面电荷作用。